賣二手車問題<急> - 汽車

小弟於昨天將愛車估給車商(車商是SUM聯盟車商)
當下也簽妥<汽車買賣合約書>賣交付訂金1萬元
可是在今日接到車商電話說車子有漏水問題，要扣我三千元
然後以車子他們無法賣，要拆掉為由，說願意跟我結清尾款
但要等兩個星期才能完成過戶
小弟我當時沒多想，想說錢到手應不會有花樣
但想想又覺得不妥
請問各位先進們，這樣會有問題嗎?
所有款項車商那邊已全部付清，並簽立汽車買賣合約書。
所謂汽車買賣合約書，算讓渡書嗎?
還是我要再去跟對方要求簽寫讓渡書呢?
我手邊只有一張汽車買賣合約書，我該還要有其他相關文件嗎?
這樣算完成交易了嗎?會有後續持續扣款問題嗎?
Update:
補充說明：以上所說內容皆是車商以將所有款項付清，但我不懂我賣車算完成了嗎?
因為還沒過戶，我手上也只有汽車買賣合約書而已，我擔心後續會有再度扣款及相關麻煩的問題，故而發問。
Update 2:
再度補充：雙證件已還給我了，但他有留影本，影本上我有標記是過戶用。
Update 3:
今天我有再次電話連絡車商
他回復答案是：我們買賣流程已結束，如交車前幾天內無紅單記錄，後續就沒事了。
過戶兩個禮拜的原因，是說因他要盤車至其他車行(車商共有4間店)，所以會晚點再辦理過戶(契約另標記期限為兩星期)，證件影本他會開立公會證明，所以影本他就可過戶。
總結：照車商說法，沒我的事，是真的嗎??所以最後我只會有一張買賣合約書嗎??
小弟我第一次賣車，所以想的有點多，這裡先謝謝各位的回答!!
Update 4:
回雅痞大大：
在這裡先謝謝你那麼的熱心為我解惑!
交車問題，因為那張汽車買賣合約書裡，有一項是
<乙方已付訂金後，甲方應即將該車及全部證件交予乙方，若該車交車前有交通違規一切罰緩事項(車籍總歸戶)、來歷不明、產權糾紛或行駛、民、刑事責任等情事，概由甲方負責(該車無法過戶，所有車款無條件全部歸還乙方)不得異議。
就這條來說，交車算不算在乙方付訂金之時就算生效呢?
另有一項為<乙方於99年X月X日X時X分接收該車配件、附件，里程表數：XX公里、甲方確定簽名： (簽名部分我並未簽名)，不過日期有寫上。
我們買賣雙方契約書那有另標記一項<乙方限兩個禮拜過戶完成> 後面是簽名跟起算日期。
Update 5:
所以交車時間到底是從乙方付訂金後，甲方將車及配件交付乙方開始算起
還是從過戶開始算起呢?←-------這算是模糊地帶嗎?
在這裡再次感謝雅痞大大 熱心為我解惑~!!
Update 6:
回雅痞大大：
所以依你來看，我的問題目前來說很嚴重嗎?
所以我要擔心的問題是這兩星期的的問題嗎?而不是擔心他違約扣款等相關問題?
合約上乙方接管車輛時間可以認做責任歸屬在乙方的時間證明嗎?
比如接管時間後他若發生紅單問題，這條對我有保障嗎?
我這樣算交易還未完全嗎?(錢在我這，車在他那，過戶時間標記兩星期完成，車商有說買賣流程結束←可信嗎?)
車商是在地開設多年車行(小弟有記憶以來就有的車行)會不會較有信譽@@"
Update 7:
再次回雅痞大大：
剛剛已與車商達成共識，於明日完成過戶手續，在這裡謝謝你跟我說了那麼多相關知識，真的令我學到不少，再次感謝!!